Гиссарский заповедник расположен в Кашкадарьинской области Узбекистана на западных склонах Гиссарского хребта в диапазоне высот от 1750 до 4349 м над уровнем моря. С востока и юго-востока заповедник граничит по гребню Гиссарского хребта с Сурхандарьинской областью Узбекистана, на севере - с Таджикистаном. Гиссарский заповедник был создан в 1983 г. на основе объединения двух независимых горных заповедников – Кызылсуйского и Миракинского. За счет объединения территорий двух значительных по размерам заповедников – это самый крупный в настоящее время из заповедников Узбекистана. Его площадь составляет 80986,1 га.

В заповеднике географически выделяются 4 отдельных участка.
Ташкурганский участок расположен в бассейне р. Кызылдарья в пределах высот от 1800 до 4000 м над у.м. и занимает площадь 30094 га. Одной из характерных особенностей участка является наличие выходов пестроцветных гипсоносных пород – красных песчаников, глин, сланцев и мощного тектонического разлома вдоль левого берега Кызылдарьи, идущего от истоков до границы заповедника в окрестностях к. Ташкурган.

Миракинский участок расположен в северо-западной части заповедника на высоте от 1800 до 4300 м над уровнем моря. Общая площадь – 11821 га. Его рельеф горный, сильно расчлененный с многочисленными труднопроходимыми речными долинами и скальными осыпями, высокогорными лугами и снежниками.

Гиланский и Танхызский участки – самые высокогорные из всех участков и располагаются в бассейне одной из крупнейших в заповеднике рек Аксу и р. Танхыздарья в высотных пределах от 2500 до 4300 м.над уровнем моря. Общая площадь участков – 30094 га. Преобладающими ландшафтами являются высокогорные, преимущественно альпийские луга, крупнообломочные осыпи и скальники. В высокогорной части участка находится крупнейший ледник Узбекистана – ледник Северцова

Климат в Гиссарском заповеднике – резкоконтинентальный. Весна достаточно продолжительная – с марта по май, дождливая, с неустойчивой погодой. Лето наступает в конце мая – в июне, но в верхних поясах гор – в субальпийской и альпийской зоне – таяние снега и появление первых первоцветов можно наблюдать и в июне, и в июле. Лето в горах прохладное, но преимущественно ясное, солнечное. В то самое время, когда внизу – на равнине летние температуры достигают +35 - 40оС, вверху дневные температуры колеблются между +15-25оС и бывают случаи и летнего выпадения снега. Ночью случаются заморозки. Средняя температура января – - 10- - 15оС, июля +10-12о C. Годовая сумма осадков составляет, в среднем, 750-800 мм в год, большая часть их приходится на зиму и весну. Летом довольно часто наблюдаются грозы и ливневые дожди, иногда выпадает снег. Снежный покров в верхних зонах заповедника не стаивает, на территории заповедника расположены языки ледника Северцова с толстым слоем многолетнего льда.

Флора заповедника достаточно типична для гор Средней Азии и весьма богата по видовому составу. Для всей территории Западного Гиссара в пределах Кашкадарьинской области известно не менее 1500 видов сосудистых растений, более половины из которых составляют флору заповедника. Основными лесообразующими породами в заповеднике являются два вида арчи (можжевельников). Западный Гиссар очень беден древесными и кустарниковыми породами, их здесь всего около 60 видов, кроме можжевельников (арчи зеравшанской и полушаровидной), растут клены (Туркестанский, пушистый и Семенова), ясень согдийский, боярышник понтийский, рябина туркестанская, яблоня Сиверса, алыча восточная, лох узколистный, миндаль бухарский, груша Регеля. Остальные породы либо настоящие кустарники, либо представлены кустовидными формами. В подлеске повсюду можно встретить боярышник понтийский, рябину туркестанскую, шиповник, жимолость, барбарис. Часто встречаются остролодочник, герань, кузиния, а также крестовник и таран – излюбленные пищевые объекты горных козлов и сурков.

В Гиссарском заповеднике обитает 2 вида рыб, 19 видов земноводных и рептилий, 169 видов птиц, из них 103 вида гнездящихся и 28 видов млекопитающих. На территории заповедника обитает ряд видов, включенных в Красную книгу Республики Узбекистан (2003). К ним относятся белокоготный медведь, иранская выдра, снежный барс и туркестанская рысь, орел-карлик, беркут, бородач, кумай, балобан. Практически во всех крупных речках заповедника с чистой водой отмечается Маринка (Schizothorax intermedius MC Glell), реже встречается форель.

Дорога в сам заповедник разделяется на несколько маршрутов, так как попасть на Ташкурганский (Кызылсуйский) участок можно через районный центр Яккабаг, а на миракинский, гиланский и танхазский участки через районный центр Мираки. Ближайшее расстояние от Шахрисябза до границ заповедника (его различных участков) колеблется от 70 до 90 км.

Туристические объекты и достопримечательности Гиссарского заповедника и его окрестностей.

На территории заповедника находится множество туристских объектов. Самые интересные из них:

- Cвященная гора Хазрет-Султан;
- Пещера Тамерлана;
- Окаменевшие следы динозавров;
- Водопад Сувтушар;
- Карстовое плато Кызылшавар;
- Высокогорное плато Ходжакаршавар;
- Высокогорные озера Джанка;
- Грандиозный каньон Каласай;
- Зармасский каньон;
- Живописные панорамы Гиссарских гор с пиками Ходжаакчабурун (3855м.), Ходжапирьях (4425 м.);
- Ледник Северцева;
- Колоритные горные кишлаки Гилан, Зармас, Куль;
- Летние пастбища Кызылгаза.

Внимание !
Некоторые участки территории Гиссарского заповедника расположены в пограничной зоне с Таджикистаном. Поэтому для посещения Гиссарского заповедника необходимо получить специальные разрешения из Госкомитета по охране природы и из Комитета по охране государственной границы Республики Узбекистан.